Se você tem 100% de certeza de que foi hackeado, a melhor maneira de agir é configurar do zero.
- Claro que você poderia consertá-lo e recuperar sua máquina, mas você realmente seria capaz de confiar nessa instalação depois?
- Você sabe que consertou todos os backdoors que eles possam ter instalado?
E o mais importante é deixar o servidor off-line para que ele não seja usado para os invasores.
Enquanto a máquina estiver off-line para uso público, convém diagnosticar a violação e aprender com ela em termos de segurança e, em seguida, configurá-la do zero. Eu vejo da sua captura de tela que você tem o GitLab rodando naquela máquina. Esses devem ser os únicos dados que você deve fazer backup e assumir, mas não antes de varrê-lo completamente e verificar o banco de dados em busca de entradas não autorizadas que permitam novas violações.
E esqueça de reproduzir um backup, ele pode conter ainda o buraco que permitiu ao atacante entrar.
Faça backup dos seus dados e, em seguida, instale esta máquina do zero e, acima de tudo, re-role todas as senhas que possam ter sido comprometidas também no processo.
Desculpe, mas é o melhor curso de ação que você pode tomar.