Verifique se há fontes duplicadas com este comando ( source ):
S="/etc/apt/sources.list" ; S2="$S ${S}.d/*.list" ; grep -b "^deb'cat $S2 | grep -i "^deb[[:space:]]http" | sort | uniq -dc | sed -e 's;[[:space:]]\+[[:digit:]]\+[[:space:]]\+deb\(.\+$\);;g''$" $S2
(Você definirá 2 mensagens de erro se o diretório /etc/apt/sources.list.d/ estiver vazio. Tudo bem.)
Se você vir linhas de texto em vermelho na saída desse comando - > então você tem que editar o (s) arquivo (s) correspondente (s) e remover as entradas duplicadas .