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Em seu script de shell, use o caminho completo em vez de um alias.
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Em seu script de shell, defina uma variável, uma sintaxe diferente
petsc='/home/your_user/petsc-3.2-p6/petsc-arch/bin/mpiexec' $petsc myexecutable
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Use uma função no seu script. Provavelmente melhor se
petsc
for complexofunction petsc () { command 1 command 2 } petsc myexecutable
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Fonte dos seus aliases
shopt -s expand_aliases source /home/your_user/.bashrc
Você provavelmente não deseja obter seu .bashrc
, portanto, IMO, um dos três primeiros seria melhor.