Então, dentro da sua entrada .desktop, você precisa colocar o seguinte na linha exec:
Exec=gnome-terminal.real -- YOUR_COMMAND
e na linha de terminal
Terminal=true
O --
na linha Exec significa que o comando após ele será executado no novo terminal.
Então, por exemplo, se você quiser iniciar um aplicativo python como root ao clicar no ícone da área de trabalho, seu arquivo .desktop
deverá ser parecido com este:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=The app name
Icon=/absolute/path/to/an/icon.png
Exec=gnome-terminal.real -- sudo python /absolute/path/to/your/script.py
Comment=Some longer description of what your program does.
Categories=Utility;
Terminal=true
Assim, quando um usuário clica no ícone da sua área de trabalho, ele verá uma janela de terminal que exibe um prompt de senha como este:
E após o aviso do seu programa ser executado.