Dado que você já tentou dois aplicativos de gravação diferentes, eu estaria preocupado com um defeito de hardware. Outra possibilidade é que um terceiro aplicativo seja iniciado em algum momento e intencionalmente mude o canal de entrada de linha.
Em um terminal, você pode usar alsamixer
para mostrar os níveis de volume de todos os canais de reprodução e captura. Certifique-se de pressionar F5 para exibir todos os canais disponíveis. Às vezes, todos os canais não cabem em uma tela, por isso, mantenha a rolagem à direita para percorrer toda a lista de canais.