Bem, finalmente descobri. O mecanismo de conclusão do Zsh armazena várias coisas em cache, incluindo a lista de pacotes disponíveis retornados pelo apt. Agora minha história parece clara: quando o autocomplete sempre me sugeria pacotes a partir do root falso, foi pela primeira vez que executei zsh no ambiente de raiz falso e a lista de pacotes correspondente entrou em um cache.
Se você quiser sobrescrevê-lo (supondo que você use oh-my-zsh) apenas adicione o seguinte código em seu .zshrc antes de chamar oh-my-zsh:
if [[ check for fakeroot ]]; then
export ZSH_CACHE_DIR=desired-cache-dir-name
fi
Isso separa o cache de conclusão entre a raiz falsa e o sistema básico e resolve o problema da postagem.