Mantenha pressionada a tecla ALT no teclado e, em seguida, clique com o botão esquerdo pressionado e arraste o ponteiro do mouse em um espaço aberto da janela que está oculta sob o painel superior. Arraste a janela para a posição desejada.
Outra solução seria instalar Compiz Config Manager
e configurar o painel Place Windows
para colocar as janelas onde você gostaria permanentemente.
sudo apt-get update
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager