Felizmente, o Thunderbird tem um plug-in disponível para ajudar a limpar bagunça. Você pode baixá-lo no link acima e instalá-lo normalmente.
Outra opção seria notificar os membros da lista de discussão que o CC'ing resulta em duplicatas e por quê. Talvez isso resultasse em uma diminuição desse comportamento ilógico.