Eu resolvi o problema. Eu tinha as seguintes linhas no meu .bashrc:
PROMPT_COMMAND='pwd > "${HOME}/.cwd"' # Save current working dir
[[ -f "${HOME}/.cwd" ]] && cd "$(< ${HOME}/.cwd)" # Change to saved working dir
A razão pela qual eu os tenho é devido ao i3. Eu quero que o i3 abra um novo terminal no diretório de trabalho recente.
Eu resolvi o problema excluindo o arquivo .cwd:
xterm -e "cd /tmp && ls && rm ~/.cwd; bash" &