Esta parece ser a resposta desejada: link
Eu também quero manter arquivos de configuração originais enquanto faço atualizações automáticas. Você pode adicionar o seguinte a
/etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
Dpkg::Options { "--force-confdef"; "--force-confold"; };
Veja aqui uma boa explicação sobre as opções: link