Parece que é um conflito com o alternador de janelas do Compiz. O que eu fiz para corrigir esse problema foi instalar compizconfig-settings-manager
.
Quando instalado, inicie o aplicativo, escolha "Gerenciamento de janelas" no painel Categoria e desmarque Alternador de aplicativos. Agora Alt + Tab é tratado apenas pelo alternador de janela do Unity.