Como você já descobriu, a opção que você deseja é o TappingButtonMap.
Option "TappingButtonMap" "lmr"
A questão é aparentemente que o Ubuntu 16.10 vem com a versão 0.19.0 do xserver-xorg-input-libinput. A propriedade que você (e eu) queremos foi adicionada em uma versão posterior. A versão 0.23.0-1 que é fornecida na versão de desenvolvimento do 17.04 é compatível com a documentação.
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