Eu sugiro que você instale e use mkusb , que pode restaurar a unidade USB para uma unidade de armazenamento padrão (com uma tabela de partição MSDOS e uma partição com o sistema de arquivos FAT32). Veja estes links
help.ubuntu.com/community/mkusb
mkusb versão 12 alias mkusb-dus:
Muitasvezesoproblemasãoalgunsdadosqueestãoenganandoosoftwareparapensarqueopendrivenãofunciona,mesmoquandoébom,eésuficienteparalimparoprimeiromegabyteparaselivrardessesdados.Euachoqueesteéocasodesuaunidade.Você'olhapara'odrivecomumaferramenta,quenãoreconheceouentendecorretamenteaestruturadosistemadeboot,quefoiclonadodoarquivoiso.
ExistemváriasmaneirasdeumpendriveUSBfalhar.Entãovaleapenatentarcoisasdiferentes.Seomkusbfalhar,tenteemoutraportaUSB,emoutrocomputadorecomoutrosistemaoperacional.Masháumlimite,quandovocêtemqueaceitarqueopendriveprovavelmenteestádanificadoalémdoreparo,pelomenoscomferramentasdisponíveisparausuáriosnormaiscomovocêeeu.Vejaestelink
Mas, se houver dados valiosos na unidade, você deverá pensar de forma diferente e usar métodos especiais para restaurar / reparar o sistema de arquivos ou até mesmo recuperar os dados sem qualquer sistema de arquivos. Veja este link,
Reparar a tabela de partições e o sistema de arquivos de um pendrive