Ok, parece ter a ver com a barra de tarefas de extensões do gnome-shell pelo ttux (há várias extensões com esse nome). Depois que eu desativei a extensão e reiniciei o sistema, o uso da cpu não aumentou mais e as mensagens de log não reapareceram também!
(Em uma nota lateral, se você estiver procurando por um Windows 7 ou como o Windows 10 Taskbar, tente a extensão "Dash to Panel" - coisas bonitas)