Não sei se / como isso pode ser corrigido para o tema padrão, no entanto, se você estiver usando um tema personalizado do Shell, poderá fazer o seguinte:
Abra a folha de estilo gnome-shell.css do seu tema (pode ser qualquer tema Gtk que contenha um tema de shell do GNOME):
sudo -H gedit /usr/share/themes/<your-theme>/gnome-shell/gnome-shell.css
Pesquise o elemento .popup-menu-ornament e altere o height para reduzir o espaçamento.
As popup-menu-ornament são as caixas amarelas nesta captura de tela:
Dessa forma, consegui reduzir o espaçamento do tema Flat Plat compact que estou usando.
NOTA: Pode haver maneiras melhores de fazer isso e isso pode até não funcionar para todos os temas. O feedback é apreciado.