Parece ser a opção Debug::pkgAutoRemove . De man apt.conf :
Debug::pkgAutoRemove
Log events related to the automatically-installed status of
packages and to the removal of unused packages.
Embora a descrição acima não seja totalmente útil, confirme observando a apt source - especificamente, apt-1.3.5/apt-pkg/depcache.cc :
bool const debug_autoremove = _config->FindB("Debug::pkgAutoRemove", false);
if(debug_autoremove)
std::clog << "Marking: " << Pkg.FullName() << " " << Ver.VerStr() << std::endl;
Você deve ser capaz de desativá-lo localizando e modificando a configuração nos arquivos /etc/apt.conf ou /etc/apt.conf.d/xxx ou na linha de comando usando a opção -o , por exemplo.
sudo apt-get -oDebug::pkgAutoRemove=false install foo