Seu arquivo é excluído. Verifique a página man do locate .
Refere-se a um banco de dados para pesquisar o arquivo listado.
Os bancos de dados de nomes de arquivos contêm listas de arquivos que estavam no sistema quando os bancos de dados foram atualizados pela última vez.
O banco de dados ainda não foi atualizado. É claro que você pode tentar updatedb
sudo updatedb
Sugiro que use procure para pesquisar em seus diretórios.
find /home/protocol -type f -name eclipse.desktop