gnome-screenshot
marca a área fotografada tornando-a ligeiramente mais escura. É por isso que toda a sua tela fica mais escura após cada uso, sem fechar a janela de captura de tela do gnome. Você pode ver esse efeito se estiver fazendo o screenshot de janelas únicas não maximizadas usando Alt + Print. A área da janela ficará mais escura. Você pode ver isso mais facilmente ao mover outras janelas ao redor ou trazê-las para a frente.
Eu não sei de uma opção de configuração para corrigir esse problema, então sua solução alternativa é a única solução. Como alternativa, você pode usar o GIMP para tirar screenshots.
Pergunta relacionada: Como livrar-se da área cinzenta depois de executar a captura de tela do gnome .