Eu superei o problema baixando a compilação estática do link mencionado em ffmpeg.org . Apenas uma nota (para iniciantes) que você precisa executar com ./ffmpeg em vez de apenas ffmpeg estando no diretório.
Ainda assim, gostaria de saber como consertar os deps do pacote da distro.
Edit: O pacote ffmpeg do sistema funciona novamente em 17.10.