Tente:
rsync -aP /ORIGINAL_A/* /DESTINATION_C/
Isto é como uma cópia da pasta A
rsync -aP /ORIGINAL_B/* /DESTINATION_C/
Isso deve sincronizar as pastas A e B com a nova pasta C
.Você pode sincronizar o arquivo de A para B diretamente, mas você não terá perda de dados dessa maneira.