Tomando minhas próprias configurações como exemplo. Atualmente tenho:
$ gsettings get org.gnome.desktop.input-sources sources
[('xkb', 'se'), ('xkb', 'us')]
$ gsettings get org.gnome.desktop.input-sources current
uint32 0
A resposta zero (0) ao segundo comando significa que meu idioma de entrada atual é o primeiro, ou seja, sueco. Para alterá-lo para o segundo idioma de entrada (inglês (EUA)) do terminal, posso fazer:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 1