Você pode usar o CompizConfig-SettingsManager para fazer isso.
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Primeiro instale-o
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
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Abra
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Ative o plug-in Regras da janela .
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Enquanto estiver nesse plug-in, vá para a guia Regras de tamanho . Clique no botão Novo para adicionar uma nova regra. Nessa regra, especifique o tamanho e no campo Janela de tamanho escreva
class=Nautilus
Salve a regra.
Agora, o nautilus será iniciado com o tamanho especificado na regra