Eu também estou vendo isso em 16.04 com i5-4460 e uma GTX 960 em um sistema de 32 bits (não pergunte!) Eu não vejo isso com drivers nouveau, mas eu faço com os proprietários da NVidia (todos eu testamos até 381.13.)
Embora não seja uma solução adequada, reiniciar a unidade usando unity --replace
parece contornar o problema dessa sessão. (Você pode precisar tentar novamente se não funcionar da primeira vez.)
Isto pode estar relacionado a bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/unity/+ bug / 1300892 . Se você acha que o bug o afeta, por favor, clique em "Este bug me afeta" no topo para que os mantenedores tenham uma boa reflexão de quantas pessoas esse bug impacta, pois isso é triado atualmente como um bug de baixa prioridade.
EDIT: Parece que adicionar o comando /usr/bin/unity --replace
ao "Startup Applications" funciona bem como uma solução temporária, mas menos temporária. :)