Ok, percebi:
O problema é devido aos caminhos ausentes do anaconda (a saber, jupyter e activate). Se eu executar meu script via terminal, ele terá todos os caminhos necessários de .bashrc
.
Quando tento executar o script do nautilus, ele não possui os caminhos necessários.
A solução é simplesmente fornecer o caminho completo para todos os executáveis dentro desse script.
No entanto, não sei como encerrar o notebook jupyter depois disso.