Eu aconselharia não espalhar seus diretórios do sistema em mais de um disco. Você está criando mais pontos de falhas: se o seu HDD morrer, você não poderá inicializar o sistema. Se o seu HDD demorar para inicializar, o sistema pode alcançar a montagem, e não ver / usr ou / var e travar. Se seu SSD morre, você não pode inicializar e / usr e / var tornam-se inúteis.
Além de tudo isso: o HDD matará seu tempo de inicialização.
Eu mesmo manteria o sistema ligado /, talvez crie um / home / nele e coloque todos os seus dados de usuário no HDD (você pode facilmente mudar os diretórios em / home / $ USER / para uma partição de dados. mais fácil de manter e facilita o backup (tudo o que você precisa fazer backup é a partição de dados).
Lembre-se, porém, de um desktop. Para uma versão de servidor que tenha um site, um servidor de dados ou um servidor semelhante, pode ser inteligente colocar / var em um disco diferente (já que estamos falando de dados do usuário em / var) ou pelo menos configurá-lo de tal forma que o usuário os dados são (também) no disco rígido.