Acabei de remover completamente alguns pacotes que eu sabia que não eram essenciais em synaptic
, como pianobar, eth, handbrake, mplayer, mplayer2 e vlc e, em seguida, reran
sudo update-manager -d
e o erro de pacote não oficial foi embora e consegui fazer upgrade com sucesso. Ele ainda deu um aviso de que 151 pacotes não serão atualizados, mas eu tive que acertar tudo bem. 16.04 e meus programas parecem estar funcionando sem problemas até agora!