O propósito do bloco de 1MB no começo do bloco é provavelmente o bootloader. O uboot é freqüentemente usado em distribuições Linux e um bloco de 1MB é bem padrão para ser deixado naquele local.
Não tenho certeza sobre as centenas de KB restantes no final de cada disco. Pode ser várias coisas, especialmente se você tiver um tamanho maior de bloco que deixe esse espaço como um resto.