Ok .. Eu encontrei uma solução !!
Isso é o que eu fiz. Eu criei um novo atalho na área de trabalho com o seguinte conteúdo.
[Desktop Entry]
Name=Eclipse
Exec=/home/shiv/eclipse/javascript-neon/eclipse/eclipse
Icon=/home/shiv/eclipse/javascript-neon/eclipse/icon.xpm
Type=Application
Basicamente, atualizei o conteúdo do Exec e do Icon com estes apontando para o Javascript-Neon já instalado.
Obrigado