Para resolver o problema, basta usar o cp:
cp file1 file2
Para que sua solução funcione, basta incluir a frase de avaliação em " "
, como:
echo "$(cat file1)" > file2
Isso acontece porque usar " "
para agrupar a avaliação em $()
preserva novas linhas, tabulações, espaços e, sem eles, apenas não. Então, o problema não foi cat
, mas o echo