O arquivo /etc/hostname
é usado principalmente para definir o nome do host na inicialização. Agora você também pode aceitar o nome do host que o servidor DNS envia. Tudo bem em pequenos ambientes onde você pode manter registros de cada cliente.
Em um ambiente de rede grande, em que você tem muitas sub-redes e clientes diferentes, normalmente deseja que o cliente envie seu nome de host para o servidor DNS. Caso contrário, um administrador teria que adotar as entradas de DNS sempre que o cliente obtivesse um novo endereço IP.
/etc/hosts
é atualmente usado principalmente para as pesquisas de host locais que normalmente também incluem o nome do host real. Como a muru já descreveu, pode ser que sua pesquisa de DNS esteja quebrada ou incorreta e um serviço ou configuração que dependa de uma pesquisa de DNS do nome do host falhará.