Quando você configura sua conexão VPN através da GUI, a senha é salva no porta-chaves. Se você salvar sua senha no arquivo de conexão, assim:
sudoedit /etc/NetworkManager/system-connections/MyConnectionExampleName
in this file:
# 1 here means key-ring I think, but with 0, the password below is used
[vpn]
password-flags=0
cert-pass-flags=0
[vpn-secrets]
password=my_secret_password
cert-pass=my_secret_certificate_password