Eu também estava tendo alguns problemas com o ponteiro. No meu caso, o ponteiro está lá, mas não está funcionando corretamente, já que ele não precisa estar no link / pasta / arquivo ... mas acima dele.
No passado, tentando procurar informações sobre esse problema, descobri que muitos outros usuários atualizando para o ubuntu 16.10 começaram a experimentar um problema com o ponteiro do mouse desaparecendo, o que também aconteceu comigo às vezes.
Eu li nesta postagem no fórum do Ubuntu que redefinir as configurações de unidade ajudaria
Instale unity-tweak-tool
sudo apt-get install unity-tweak-tool
Em seguida, faça um reset via:
unity-tweak-tool --reset-unity
Funcionou para mim e meu ponteiro parou de desaparecer.