No meu caso, estou usando o Ubuntu 16.04 Que tinha! Incluir com arquivos externos como assim
!includedir /etc/mysql/conf.d/
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/
innodb_buffer_pool_size = 20M
Acabei de incluir o [mysqld] antes da nova linha que adicionei à minha nova instalação do Wordpress
!includedir /etc/mysql/conf.d/
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 20M