As partições contêm sistemas de arquivos. Existem muitas operações que você pode fazer nessas partições. Eu recomendo que você dê uma olhada no gparted.
sudo apt-get install gparted
gparted
A partição extendida é apenas um tipo particular de contêiner que pode conter mais partições. Nos primeiros esquemas de tabelas de partições, havia apenas espaço para 4 partições. A necessidade de ter mais causado uma evolução para fazer um desses uma partição "estendida", que contém mais partições. Com esquemas de particionamento mais recentes (gpt), essa limitação é superada.
No entanto, o que você propõe, fundir o conteúdo de diferentes partições em uma única partição é difícil de fazer e depende do tipo de sistema de arquivos que essas partições possuem. Se forem tipos diferentes de sistemas de arquivos (por exemplo, ext4 e FAT32), simplesmente não é prático fundi-los juntos.
Sua melhor aposta seria comprar um novo disco rígido, grande o suficiente para manter o conteúdo de todos os sistemas de arquivos na unidade antiga. Em seguida, crie uma partição grande na nova unidade, formate-a com o sistema de arquivos escolhido (ext4, btrfs etc.) e copie todo o conteúdo dos sistemas de arquivos da unidade mais antiga.