Você não pode remover o Matlab através de uma operação apt-get , assim como você não o instalou através de uma operação apt-get . Você precisa desinstalá-lo manualmente.
Se você seguiu as instruções oficiais para instalá-lo, então você é o proprietário, como você pode ver na imagem abaixo ( Owner tab):
Consequentemente, você só precisa excluir essa pasta (no seu caso, 2016a). Se você não for o proprietário, precisará remover usando sudo , da seguinte forma:
sudo rm -rf /usr/local/MATLAB/
Você também tem um arquivo de configuração em sua pasta pessoal ( ~/ ), sob o nome de ./matlab . Se você quiser deletá-lo também (você pode não fazer isso se for reinstalar, por exemplo), ative os arquivos ocultos no explorador de arquivos usando Ctrl + H para ser capaz de ver isso.
Por fim, remova qualquer link simbólico que possa existir na pasta /usr/local/bin . No meu caso, eu só tenho esses dois, mas verifique a versão 2016a:
rm /usr/local/bin/matlab /usr/local/bin/mex
(execute com sudo se você não for o proprietário).
EDIT : Pode haver outros arquivos relacionados à sua instalação do Matlab (como sugerido aqui ). Por exemplo, você pode ter alguns arquivos em /var/tmp/ , que também podem ser removidos. (Eu não os tenho, mas depende dos pacotes que você tem).