Eu não uso o Empathy, mas tente isso. Instale o plug-in Skype for Pidgin no Ubuntu Software Center. Abra o Skype, faça o login e adicione sua conta do Skype ao Empathy protocol named ‘bigbrownchunx-skype-dbus’
ou contas do Pidgin - > Skype DBUS. Você precisará permitir o acesso do Empathy / Pidgin ao Skype. Fonte: J. Sneddon
OR
O Skype-Wrapper é um pequeno "plugin" de terceiros que integra muitos dos recursos do Skype diretamente no desktop do Ubuntu. Isso inclui suporte para o menu de mensagens do Ubuntu, o sistema de notificação e o iniciador Unity. Fonte: J. Sneddon
Para instalar, basta pressionar Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando se abre, execute o (s) comando (s) abaixo:
sudo add-apt-repository ppa:skype-wrapper/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install skype-wrapper python-skype