Você não precisa adicionar o eclipse ao início do seu comando. Apenas apontando para o diretório, o eclipse launcher será suficiente.
/home/cschuck/eclipse/java-neon/eclipse/eclipse
irá lançar o eclipse.
Isso vale para todos os scripts, por exemplo, se eu tiver um arquivo chamado HelloWorld.sh
in ~/Documents/Scripts
, ele pode ser iniciado simplesmente digitando ~/Documents/Scripts/HelloWorld.sh