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Em resumo:
Não, não é ruim, não realmente. Na prática, seu SSD não será capaz de compactar alguns dos dados que você envia para ele (assim, seus dados criptografados ocuparão mais espaço e, portanto, usarão o disco "mais rápido")
Além disso, você deve verificar se o seu programa de criptografia usa cifra de bloco (como Truecrypt) e não cifra de fluxo.
Portanto, sem esses dois casos especiais, sim, você pode proteger seus dados sem problemas.