Sim , você pode remover esses arquivos já que não está mais usando o Wine e não está preocupado com os arquivos criados pelo Wine (Assumindo a sua pergunta). Esses são principalmente arquivos de configurações criados pelo Wine enquanto você os estava usando.
Mas, antes de remover, sugiro ir para esse diretório e ver se há arquivos importantes (muito improvável, no entanto). Mova-os para outro lugar, se você encontrar algum. Em seguida, remova a pasta usando este comando
rm -r ~/.local/share/wineprefixes -v
Agora você deve poder ignorar essa pasta nas configurações de backup.
Nota: Você também pode ignorar essa pasta desmarcando a marca de seleção na janela de configurações de backup do Aptik sem remover nada.