Você provavelmente pode resolver com um
sudo chown USERNAME:USERNAME -R /home/USERNAME
onde você substitui USERNAME o nome do seu usuário (o curto, sem espaços e que você pode ver no início da linha do terminal).
Estou executando o Ubuntu com o i3 como meu gerenciador de janelas. Por algum motivo, alguns dos meus aplicativos esquecem as alterações que faço em suas configurações, se eu não estiver executando os aplicativos como root. Por exemplo, se eu tentar adicionar um atalho a uma pasta do Dropbox no painel de atalhos do lado esquerdo no gerenciador de arquivos Thunar, o Thunar esquece o atalho depois de ter sido fechado. Se eu executar o Eye of Gnome (EOG), nem sequer posso ativar e desativar a construção do painel "propriedades da imagem" se não estiver executando como root. Eu suspeito que é porque os arquivos de configuração dos aplicativos não pertencem ao meu usuário, mas não tenho certeza. E se for o caso, não sei como mudá-lo. Se eu, por exemplo, digitar ls -al ~/.config/Thunar no terminal, recebo a seguinte mensagem:
ls: cannot open directory '/home/USERNAME/.config/Thunar': Permission denied
Você provavelmente pode resolver com um
sudo chown USERNAME:USERNAME -R /home/USERNAME
onde você substitui USERNAME o nome do seu usuário (o curto, sem espaços e que você pode ver no início da linha do terminal).