Você pode forçá-lo a usar a AMD com drivers de código aberto, mas provavelmente terá um desempenho pior do que o da Intel.
Os drivers de código aberto da AMD não têm suporte para versões mais novas do OpenGL (ou CL, não lembro), o que prejudica a reprodução de vídeos e mata muitos aplicativos intensamente graficamente. Isso também coloca o Minecraft fora de questão.
Mesmo em casos normais, os gráficos integrados são menos poderosos que os discretos (mesmo a AMD), a falta de um driver adequado para placas AMD no Linux significa que as placas AMD provavelmente terão desempenho pior do que o da Intel na maioria dos casos.