O que você fez deveria funcionar. O que acontece é que vlc abre a primeira pasta imediatamente e começa a tocar, portanto, quando você olha para a lista de reprodução, verá a lista de arquivos na primeira pasta. A segunda pasta não é expandida imediatamente, portanto você não vê seus arquivos, apenas seu nome. Por exemplo:
$ ls dir1 dir2
dir1:
1.wav 2.wav 3.wav
dir2:
4.wav 5.wav 6.wav
Se eu agora abrir esses diretórios com
vlc dir1 dir2
Eu recebo:
Assim que a lista de reprodução terminar os arquivos de dir1 , ela se tornará:
Como você pode ver, os dois diretórios foram adicionados corretamente, mas o conteúdo do segundo só é mostrado quando vlc tenta reproduzi-los.
Se você realmente precisa ter os arquivos mostrados imediatamente, você pode dizer a vlc para abrir o conteúdo dos diretórios em vez dos próprios diretórios:
vlc dir1/* dir2/*
Ou, se você precisar disso para trabalhar recursivamente e abrir arquivos em subdiretórios também:
shopt -s globstar
vlc dir1/** dir2/**