Eu estava tendo o mesmo problema e mexi com ele até funcionar (meio que ...). Então, o que você precisa fazer é:
-Arraste um ícone de spotify para o encaixe para criar um novo lançador.
-Clique com o botão direito, vá para Spotify e, em seguida, Edit.
-Editar o "Comand para lançar com um clique" para "spotify --mu".
-Aplicar.
agora saia de qualquer sessão spotify em execução e inicie-a novamente usando o ativador no dock e ela deverá reconhecê-lo.
Este é um trabalho em volta e não uma solução para o problema. E, como tal, existem desvantagens:
-cairo-dock não reconhece nenhuma instância de spotify se ele não foi executado usando o comando "spotify --mu", o que significa que você começou a usar o novo launcher, ou em um terminal usando "spotify --mu".
-Ela, aleatoriamente, não reconhecerá alguns casos de spotify. Se isso acontecer, apenas saia do Spotify e execute-o novamente.
Vou brincar um pouco mais e atualizar a resposta se encontrar uma maneira melhor.