Você pode usar ddjvu
em um script de shell. Dito isso, os PDFs de saída são muito maiores (x10), o que dificulta muito o esforço. O Ubuntu não tem problemas para ler arquivos djvu, mas se o seu motivo for bom o suficiente, use o seguinte script.
Aviso: Não tente usar 200 arquivos imediatamente. Execute um teste primeiro em um ou dois pequenos, para ter a noção do tempo que leva e para ter certeza de que está satisfeito com o resultado. Pressione Ctrl + C , para o caso de você querer interromper o processo.
#!/bin/bash
for i in *.djvu;
do ddjvu -format=pdf -scale=100 "$i" "${i/%.djvu/}.pdf"
done
... ou o mesmo, como um one-liner
for i in *.djvu; do ddjvu -format=pdf -scale=100 "$i" "${i/%.djvu/}.pdf";done
Basta executar isso em uma pasta com arquivos djvu. A opção -scale=100
reduz a escala das imagens de saída, o que torna o processo muito mais rápido e o tamanho dos arquivos de saída mais razoável. Sem isso, os PDFs resultantes eram muito maiores do que os originais e demoravam séculos para serem convertidos, pelo menos nos meus testes.