A reinstalação do programa não afeta as configurações do programa armazenadas no perfil do usuário.
Como as configurações do Terminix são configuradas por meio do GSettings, você pode redefinir a opção de configuração responsável com.gexperts.Terminix.use-custom-command
através do comando dconf-editor
GUI ou gsettings
terminal:
gsettings reset com.gexperts.Terminix use-custom-command
(Eu não tenho o Terminix instalado, mas eu li o seu Definição do esquema GSettings .)