A resposta foi gentilmente fornecida nos comentários. Isso só acontece quando o Nautilus já está em execução. Portanto, as mensagens de aviso não são nada mais do que o fato óbvio de que o nautilus não pode ser iniciado porque já foi iniciado.
Para sair do nautilus com nautilus -q
e, em seguida, iniciá-lo com nautilus .
, irá abrir a pasta do diretório atual sem as mensagens de aviso.
Note que isto iniciará o processo a partir do shell atual, o que geralmente é indesejável porque o console irá travar até que você mate o processo com Ctrl + C que por sua vez fechará a janela. Para evitar essa confusão, inicie-a como um processo separado:
nautilus . &
Observe também que, se o nautilus já estiver em execução, não há necessidade de iniciá-lo como um processo separado. É por isso que as mensagens de aviso aparecem com nautilus .