Eu uso o Ubuntu 16.04 e tive exatamente o mesmo problema hoje: aqui está como eu resolvi isso, primeiro desinstale o nautilus usando:
sudo apt-get remove nautilus
e vá em frente e reinicie o seu PC
sudo reboot
reinstale o nautilus usando:
sudo apt-get install nautilus
Meu nautilus foi danificado por causa do gnome3 install / update que não funcionou corretamente mesmo após a última etapa e houve alguns problemas ao minimizar e maximizar o Terminal, então eu desinstalei o nautilus mais uma vez e instalei esta alternativa nautilus chamada Nemo , agora tudo funciona bem e nemo é muito mais legal que nautilus. Aqui está como instalar o Nemo:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/nemo
sudo apt-get update
sudo apt-get install nemo nemo-fileroller