Eu tive o mesmo problema que queria usar o meu tablet com o Krita.
A única solução que encontrei é uma solução alternativa: alterei os atalhos no Krita.
Então, em vez de usar Shift + left drag
para alterar o tamanho do Pincel, mapeei o atalho Shift+B + left drag
no Krita para fazer o trabalho, mapeei Shift+B
para um dos botões do meu tablet e ele funciona bem agora.
Mesmo para Ctrl + left
clique, mapeei B + left
clique no Krita.