Meu problema é que a maioria dos programas gráficos não tem uma barra de menu (File, Edit, View, etc.) quando não está em tela cheia (maximizada) programas nativos do Ubuntu ou coisas de terceiros, do VLC a calculadoras para coisas nativas como o Nautilus
Esse problema (ou configuração padrão) existia desde que eu usei o Ubuntu 14.04 e agora estou no Ubuntu 16.04.
Se for uma configuração, como posso alterá-la?
Você pode alterá-lo das configurações. Vá para Configurações do sistema - > Aparência - > Comportamento. Lá você verá uma opção "Mostrar os menus de uma janela", e há duas opções. Na barra de menus ou na barra de título da janela. Experimente os dois e use o que quiser.
PS: Por favor, veja a figura abaixo.
