Para se livrar desse problema, você pode remover a linha que menciona o arquivo de /etc/fstab
cp /etc/fstab fstab.bak
sudo -H gedit /etc/fstab
Exclua todas as linhas que mencionam informações de partição excluídas e salve o arquivo.
Na próxima inicialização, você não receberá nenhum aviso sobre a partição ausente.